军，被俘虏的多达三万多人，战死者超过三万多人，还有近两万人不知所踪。
二月初三，颜思齐率四万大军打着镇压岛原之乱的旗号直取熊本城。此时，整个东瀛还都不知道岛原的联军被击溃的消息。三天之后，颜思齐兵不血刃地夺取了熊本城。熊本城是九州大城，而熊本藩也是九州的强藩，为了确保在进攻小仓藩之后没有后顾之忧，颜思齐在熊本城进行的屠城了。
颜思齐的大军对屠城这样的事情已经做了许多次了，可以算是熟能生巧了，三天的时间，熊本城被颜思齐的大军屠戮一空，人口仅仅剩下了两成。而在屠戮熊本城之后，颜思齐的大军获得了大量的粮草以及钱钞。
而郑芝龙率领的六万大军在岛原修整了两天之后，便乘坐兵船直取小仓城。