始恢复在大唐传教。但到了开成五年（公元840年），回鹘为黠戛斯所破，大唐对摩尼教的态度大变。
会昌三年（843），大唐下令没收摩尼寺的庄宅钱物，焚烧其书籍图画，流放其僧侣，死者大半。会昌五年武宗禁佛，同时禁止各种外来宗教，摩尼教当也在其列。据《会昌一品集》载，武宗会昌三年，回纥国势衰落，要求唐室“安存摩尼”，但唐突改前态，下令禁江淮诸镇的摩尼寺。
会昌灭法时，摩尼教亦难逃其劫，《入唐求法巡礼行记》说：“会昌三年四月中旬，敕天下杀摩尼师，剃发令著袈裟，作沙门形而杀之。”
当时，摩尼教流行的地区以西北、华北地区为主，在福建、浙江沿海地区，因与波斯等国有海路交往，摩尼教也有一定势力。
自此就与下层的斗争结合起来，成为农民起事的号召旗帜之一。
可以说，现在的摩尼教就是邪教，他存在的地方，就会引发叛乱。
所以当得知这个消息后，查文徽想死的心都有了，就算是房知温下令横征暴敛的事也被他抛在脑后。
于是他连忙给刺史府写信，禀明此事。