与枢密院同时成立的则是大明皇家陆军军校，主要分为炮兵工兵步兵和参谋四科，这种军校算是枢密院的下属部门，
实际上枢密院的改革是与军校分不开的，新式的火药和大倍径长身管让现在炮兵的射程已经超过了直瞄可以观测的极限，必须要使用精确的测量仪器才能够使用，原本想佛朗机炮、虎蹲炮那样放于阵前直接开炮的方式已经沒办法使用新式的远射程火炮，而新式的武器、新的钢筋混凝土材料以及新的作战战术，也催生着新式的军事建筑，工兵科也应运而生，
若是沒有军校培养出的大批人才，枢密院的改革也就无从谈起，而原本五军都督府的左右都督、都督同知、都督佥事这样的一二品的大员，也被朱由崧扔进了军校，让北海的那些军官对他们进行现代新式战术的学习，
明朝虽然政策强硬，实际上仍然是袭承了宋朝以文统武的政策，五军都督府原本为枢密院，后來改名为大都督府，再后來却被一分为五，由原本的“中枢机构”变成了处处受制于兵部的单纯执行命令的机构，就连五军都督府的都督官衔，此时也成了虚衔，而且人事任命都需要经过吏部认可，
此时朱由崧的军校却让枢密院人才方面不在受制于吏部，有了自己培养人才的机制，不过军校对于那些武将來说，却不是一件受欢迎的东西，在他们看來，军校不过是那些北海系的人，抢夺他们权力的一种手段，
枢密院有了这些人从中阻挠让枢密院的改制陷入了停滞当中，对此朱由崧也不得不亲自予以关注，
“究竟是那些人在闹，”
现在人总参谋部参谋长的张风府说道：“是右军都督府右都督李如柏为首的一些人，他闹得最凶，其他人不过是随着起哄，”
原本朱由崧属意的总参谋长是邵杰，不过因为邵杰跟李三才曾经有一段时间的合作，让他出任总参谋长，必然会让现在朝中日趋缓和的局势，再次恶化，因此朱由崧不得不选择了张风府，在谋略方面，张风府自然也是及优秀的，不过在处理一些事物上面，张风府还是不如邵杰圆滑，
朱由崧道：“李如柏，”
对于李如柏，朱由崧并不陌生，萨尔浒之战当中，其他三路具全军覆灭，而他却仅仅丧师几千，能够全身而退的李家名将，日后自裁身亡的那个家伙，李如柏是李成梁的二子，李成梁长子李如松早逝，他就成了李家乃至整个辽东军阀的代言人，辽东边军在李成梁的带领之下，虽然开创了一时的辉煌，也开创了克扣兵饷豢养精锐家丁的政策，然后九边各军有样学样，造成了边军的糜烂和军阀化，
李如柏闹事，朱由崧并不奇怪，在李成梁时代，辽东已经形成了一个“养贼自重”的军阀团体，辽东几乎成了他们李家的私人王国，李成梁去世之后，朝廷虽然进行了一系列的改制，让辽东重归朝廷治下，不过对于辽东军队他们仍然沒有任何动作，或者说那些根本不懂军事的文人意识不到辽东军队军阀性质的变化，
这次改制，朱由崧设立的总后勤部和军需官制度，直接切断了高级军官克扣军饷的渠道，这就等于摧毁了豢养家丁的“李成梁模式”的基础，辽东军队他们会同意才怪，
朱由崧冷笑道：“既然反对，就让方大人和赵南星赵大人罢免他，”
张风府说道：“王爷，这样做会不会激化与辽东边军之间的矛盾，”
朱由崧冷笑道：“放心，就算是激化了矛盾，他们还敢來进攻京师不成，”
“这倒不会，只是对朝廷掌控辽东不利啊，”张风府忧心忡忡地说道：“现在北海的农具正在普及，大量佃户失去了土地，北海如今已经有二百万人，土地已经日趋饱和，若是沒有新的移民地点，恐怕回生乱子，辽东地广人稀，土地肥沃，是最好的移民地点，若是沒办法掌控辽东，那么怎么安置大量的移民，”
朱由崧点了点头，说道：“你看得很远，不过就算是我们结好辽东边军，辽东的事情也沒那么简单，李成梁的义子奴儿哈赤，如今已经快要统一建州女真，而这些年來，李成梁的去世和朝廷的争斗，却给了家伙发展壮大的机会，辽东的事情最后还是要动武解决，此时沒必要对李如柏客气，”
在朱由崧的授意之下，很快枢密院就向内阁和吏部提交了罢免李如柏的建议，对于枢密院的“建议”，内阁方面早有准备，谁都知道，若想改革不罢免几个碍手碍脚的家伙，还那叫什么改革，
而且李成梁在世的时候，就飞扬跋扈，这让百官对李家并无好感，这次罢免李如柏自然也是顺手推舟，答应了枢密院的授意，
而对于其他军官，朱由崧则选择了拉拢教育的方阵，毕竟这些人熟悉明朝军队现状，对他來说还是有些价值的，
因为罢免了李如柏，杀鸡儆猴，这些人虽然不敢在阻挠朱由崧进行改革，心里的怨气自然难免，因此朱由崧也亲自给他们办了一场入学鹰扬宴，
“诸位都是大明的栋梁之才，只是因为新式的炮兵和火枪兵战术已经与往日不同，所以诸位需要入学学子一段时间，等学成之后