多忠胜虽勇猛，但失去两翼策应，陷入明军水陆夹击。更致命的是，九鬼水军复灭，明军水师主力已完全控制关门海峡，开始用舰炮猛烈轰击下关德川本阵及岸防工事！德川军腹背受敌，军心动摇。
德川家康目睹井伊赤备崩溃、水军尽丧、本阵遭炮击，深知大势已去。这位枭雄痛苦地闭上双眼，下达了全军总撤退的命令。撤退迅速演变成大溃败。明军骑兵趁势掩杀，重步兵稳步推进，弩手和火枪兵精准狙杀溃兵中的军官。关门海峡沿岸，尸横遍野，海水为之染赤。
关门海峡决战，历时三日，以明军空前大捷告终。
德川家康在旗本拼死保护下，仓皇逃离下关，经陆路向东北方败退。其倾国之力的八万大军（含西国诸藩军）折损过半，阵亡、被俘者超过四万。包括井伊直政、九鬼守隆在内的数十名德川谱代重臣、大将战死。幕府直属精锐损失殆尽，其赖以统治日本的武力基础遭到毁灭性打击。仓促败退途中，家康心力交瘁，旧疾复发（据传为胃癌），行至广岛附近已无法骑马，只能乘轿。幕府威信扫地，西国大名（尤其是毛利家）态度暧昧，丰臣遗臣蠢蠢欲动，德川天下摇摇欲坠。
郑芝龙站在硝烟未散的门司高地，眺望对岸烈焰冲天的下关和海峡中漂浮的无数残骸。此役，明军水师损失战船四十馀艘，陆师伤亡近万（多为登陆和反冲锋时的精锐，包括六千馀‘敢死队’），可谓代价巨大。
但战果更为辉煌：歼灭了德川幕府主力，摧毁了日本最后的有组织抵抗力量，完全控制了具有战略意义的关门海峡！九州与本州的信道被彻底打通。
残存的日本诸候陷入前所未有的恐慌与分裂。
临近九州的丰前、长门等地小大名，率先向郑芝龙递上降表。九州尚未被完全占领的筑前（黑田）、筑后等地，抵抗意志瓦解。
实力尚存的毛利辉元，迅速撤回广岛，紧闭城门，一面遣使向郑芝龙表示“恭顺”，一面暗中收拢德川败兵，扩充实力，观望风色。
忠于德川的部分势力，护着重病的家康，继续向江户方向撤退。少数死硬派武士遁入山林，准备进行绝望的游击抵抗（后世所谓“天狗党”之雏形）。
郑芝龙没有立刻挥师登陆本州扫荡。明军亦需休整，消化空前胜利果实，且本州地形复杂，寒冬将至。
所以，他采取更为稳妥的策略：在下关、门司创建永久性要塞群，驻扎重兵和水师主力，牢牢扼守日本“咽喉”。
乘胜彻底扫平筑前、筑后等残馀抵抗，将整个九州岛完全纳入掌控，创建稳固的后方基地。
向本州诸藩发出措辞严厉的檄文，要求限期归降。重点拉拢实力最强的毛利家，许以优厚条件（保留部分领地自治权）。对德川残部，则以剿抚并用。
八百里加急将空前大捷的详细战报及日本现状飞奏北京，请示昭武帝对日本全土处置的最终方略——是创建傀儡政权？还是直接设省置县？
关门海峡的熊熊烈焰，映照着明军如林的旗帜。德川幕府试图捍卫的“神国”强界，在郑芝龙水陆大军的铁蹄下轰然崩塌。
日本的战国时代，以一种意想不到的方式，被来自大明的远征军画上了血腥的终止符。而这片列岛的命运，已然悬于紫禁城中的一念之间。
…
昭武四年十一月，凛冽的寒风卷过关门海峡，裹挟着海水的咸腥与未散尽的硝烟气息，扑打在门司新城（原门司港扩建）的明军大营辕门之上。
郑芝龙身披厚重的貂裘大氅，立于新筑的望楼顶端，目光如鹰隼般扫视着对岸残破的下关城垣与海面上穿梭巡逻的明军舰队。
“圣旨到！！”
一骑快马冲破辕门，骑士背插三根染成朱红的翎羽，正是朝廷八百里加急的“红旗捷报”信使！
中军大帐内，香案高设。郑芝龙率麾下所有千户以上将领，焚香跪接圣旨。天使展开明黄卷轴，朗声宣读昭武帝易华伟的嘉奖敕命，其赏赐之丰厚，规格之高，令帐中百战悍将亦为之动容：
郑芝龙晋封“靖海侯”，赐丹书铁券，享亲王仪仗（半副）。赏黄金五千两，白银十万两，苏杭绸缎千匹，御窑珍瓷百件。
特赐四爪蟒袍一袭，玉带一条，准其乘“八抬大轿”出入军营（战时除外）。
其子郑森（郑成功）荫封“锦衣卫指挥佥事”（虚衔，在京荣养），以示恩宠。
水师提督李魁：晋左都督（正一品武勋），封“平波伯”（流爵），赐黄金千两，白银三万两，田庄（位于福建）两处。
陆师主将陈洪等三人：晋右都督（从一品），各赐黄金八百两，白银两万两，精钢宝刀一口（御制），田庄一处。
西厂提督丘成云：加太子太保衔（正一品文勋），实授“提督东洋锦衣卫事”，专司日