胡惟庸谋反，废中书省，因析大都督府为五，分统诸军司卫所。
皇陵所在各置卫，不隶于都指挥使司。
皇帝亲军上二十二卫，称亲军指挥使司(锦衣卫即其中之一），不隶五都督府。
明初，都指挥使与布政使、按察使并称三司，同为封疆大吏。正德年间，皇帝好大喜功，多聚宵小之徒，俱充以军职，遂为世所轻。清张廷玉撰《明史》，称“内之部科，外之监军、督抚，迭相弹压，五军府如赘疣，弁帅如走卒。总兵官领敕于兵部，皆跽，间为长揖，即谓非礼。至于末季，卫所军士，虽一诸生可役使之。积轻积弱，重以隐占、虚冒诸弊，至举天下之兵，不足以任战守，而明遂亡矣。”
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