也就是在此之前不久，万历册封他的爱妃郑氏为皇贵妃，并预先公市礼仪以便各有关衙门作必要的准备。消息传来，就有一位给事中上疏提出异议，其理由为：按照伦理和习惯，这种尊荣应该首先授予皇长子的母亲恭妃王氏，德妃郑氏仅为皇三子的母亲，后来居上，实在是本末颠倒。这一异议虽然引起万历的一时不快，但册封典礼仍按原计划进行。但谁也没有想到，这一小小的插曲，竟是一场影响深远的政治斗争的契机，导致了今后数十年皇帝与臣僚的对立，而且涉及到了整个帝国。万历皇帝也开始了三十年不上朝的奇葩事情。
万历皇帝亲政后，前期励精图治，每天治理朝政十余个小时。他废黜考成法等张居正改革中弊政，安抚流民，减少徭税，大大减缓社会矛盾。万历十三年时，北京干旱，神宗亲自步行至天坛祈雨。生活节俭，有勤勉明君之风范。
万历皇帝杀了张居正之后。改任首辅大学士为张四维、申时行。但张四维目睹张居正生前的宠荣和死后的受辱，自然再不敢以张居正为榜样。因此，同样曾经以才干受张居正赏识的申时行，深知伴君如伴虎的道理，吸取张居正的教训，一方面顺从皇帝，一方面用诚意打动整个文官政府。一句话，申时行是一个典型的和事佬。这位来自富饶的苏州府长洲县的嘉靖四十一年（1562年）状元，正如他的字“汝默”一样，力求清静，但也被人视为“首鼠两端”。他在任上，开创了两项很恶劣的先例——章奏留中和经筵讲义的进呈，他也因此被人批评为要为神宗的“荒怠”负责。
章奏留中，就是皇帝对于大臣们送上来的奏疏不予理睬，放在宫中，既不批示，也不发还。经筵讲义的进呈，就是皇帝不需要参加经筵，经筵讲官们只需要把他们的讲义送到宫中就可以了。这两件惯例的养成，就彻底地切断了皇帝与大臣们交流的渠道。明朝的败忙也由此开始了。
从万历三大征开始。虽都以胜利而告终，但每场战争都是一波三折，惊心动魄，胜利的同时也付了出了惨重的代价。“三大征”旷日持久，历时近十年，到万历二十八年六月结束。“三大征”虽都以胜利而告终，但每场战争都是一波三折，惊心动魄，胜利的同时也付了出了惨重的代价。是什么原因使“三大征”进行的这样艰难？
万历帝政治上贪权，他特别有心计，不受任何人摆布，虽然不理朝政但始终大权在握，宁可不补官缺。哪怕自己错了，在错误没有明显暴露出来，没有遭受重大损失的时候万历帝绝不动摇。万历帝要是想用哪个人，在没有明显用错之前，想辞职都不会被批准。
万历帝的本性是什么？一个字：“贪”，这个贪字渗透到各个方面。政治上贪权；经济上贪财；生活上贪生；思想上贪名。有这样的皇帝坐上龙椅。明朝想不败亡都难。
尤其是萨尔浒之战的大败。更是葬送了大明王朝最后的精锐。为明朝的败亡忙下了伏笔。1618年（万历四十六年，后金天命三年）正月，后金努尔哈赤趁明朝内争激烈、防务松弛的时机，决意对明用兵。农历二月，努尔哈赤召集诸臣讨论用兵方略，决定先打辽东明军，后并叶赫部，最后夺取辽东。农历三月间，后金加紧秣马厉兵，扩充军队，修治装具，派遣间谍，收买明将，刺探明军虚实。在经过认真准备和精心筹划之后，努尔哈赤在农历四月十三日以“七大恨”誓师反明，历数明朝对后金国（建州女真）的七大罪状，率步骑2万向明朝发起进攻。抚顺城以东诸堡，大都为后金军所攻占。后金军袭占抚顺、清河后，曾打算进攻沈阳、辽阳，但因力量不足，翼侧受到叶赫部的威胁，同时探知明王朝已决定增援辽东，便于九月主动撤退。
抚顺等地接连失陷，让明神宗感到事态严重，派兵部左侍郎杨镐为辽东经略，主持辽东防务。并决定出兵辽东，大举进攻后金。但由于缺兵缺饷，不能立即行动，遂加派饷银200万两，并从川、甘、浙、闽等省抽调兵力，增援辽东，又通知朝鲜、叶赫出兵策应。经过半年多的准备，援军虽大部到达沈阳地区，但粮饷未备，士卒逃亡，将帅互相掣肘。
由于万历皇帝一再催促杨镐发起进攻。于是杨镐坐镇沈阳，命兵分四路围剿后金。
杨镐的作战方针是：以赫图阿拉为目标，分进合击，四路会攻，一举围歼后金军。
杨镐的具体部署是：杨镐坐镇沈阳指挥；总兵马林率1万5千人，出开原，经三岔儿堡，入浑河上游地区，从北面进攻；总兵杜松率兵约3万人担任主攻，由沈阳出抚顺关入苏子河谷，由西面进攻；总兵李如柏率兵2万5千人，由西南面进攻；总兵刘綎率兵1万余人，会合朝鲜军共2万余人，经宽甸沿董家江北上，由南面进攻。另外，总兵官秉忠率兵一部驻辽阳为机动部队，总兵李光荣率兵一部驻广宁，保障后方交通。
原拟1619年（明万历四十七年，后金天命四年）农历二月二十一日出边进击，但因天降大雪，改为同月二十五日。同时，限令明军四路兵马于农历三月初二会攻赫图阿拉。
三月初一，杜松军突出冒进，已进至萨尔浒（今辽宁抚顺东大