（4）审计证据取舍风险。主要表现在审计证据在数量上究竟要多少，才能最充分地证明其最终审计结论的可靠，这个标准很难确定，并且在收集、鉴定、综合一定数量的证据后，是否有遗漏和忽略专业判断是重要的。
（5）抽样风险。由于各种主客观原因造成样本是否能代表总体是不能肯定的，实际上就是数理统计上所说的“弃真”、“弃假”。
（6）审计工作不规范，带来审计风险。在实践工作中，许多审计机关不按照操作程序去做，审计通知书所规定的审计时间内容不明确，审计报告中陈述不明白，用词不准确、不恰当，审计决定中定性不准，适用法规不当造成风险。
（7）审计权力实施不当即造成审计风险。这实际上是一个审计机关正确行使行政自由裁量权的问题。所谓行政自由裁量权，是指行政执法行为的范围、方式等法律规定留有一定余地或幅度，或者没有明确规定，行政机关类推斟酌、选择、掺杂自己的意志于其间的行为。审计工作虽然都是按《审计法》规定组织实施的，但在定性和处理过程中还是有一定的自由裁量权，这也给审计机关带来一定审计风险。
（8）审计控制不当风险。这主要是我国审计机关成立时间短，无论在审计理论，还是在审计实践方面都不够成熟，审计机关内部管理和内控制度方面还不完善，对审计事项的质量控制标准和水平在具体实践中也难以掌握，在审计的独立性方面还受到一定的制约，尤其是对外商出具审计报告世行贷款项目审计，有问题查不出是风险，查出问题披露不当也是风险。1998年世行派出检查组就我国十多个省市的贷款项目在财务审计方面的审核，发现了许多审计机关未披露的问题，因而对我国政府审计的独立性提出异议，并要求将其在中国的贷款项目委托给国际六大会计师事务所审计监督，这对我国审计机关而言是名利皆损之事。
（9）其他一些不确定风险。例如：对企业经济效益进行考核所采用的指标体系比较简单，一些新的会计财务政策办法的运用，相关会计的准则在实施中的问题，审计部门对这些问题也有不同的专业判断，这些都会形成审计风险。
四、我国政府审计风险的控制
（一）选择和设置审计风险点。审计风险点对审计人员的具体审计实践起着导向作用，因此，它的选择和设置是一项非常重要的工作，需要高度的重视和谨慎，精心设计和制订。
审计风险点的选择和设置，主要从以下几个方面考虑：名称；涉及的主要会计科目，表现形式；对会计报表的影响；应实施的审计程序；编制审计报告时的考虑。
第一项，风险点的名称设计要求既简洁又明确。单位要准确，点题切中要害，让审计人员一眼看去就明白，引起关注。
第二项，风险点主要涉及的会计科目。科目考虑要全面，尽量避免遗漏，本项目的设置有利于审计人员对风险点查找及审计。
第三项，风险点常见的表现形式。即会计报表中错报、漏报现象，错误的舞弊的形式以会计作假的手段和特征，提供给审计人员加以识别。
第四项，风险点对会计报表的影响。审计风险集中在审计报告和已审计过的会计报表之中。要建立报表审计的风险点，势必要研究风险点对审计结果使用者可能造成的危害和误导，从而考虑实施的审计程序和应发表的审计意见。
第五项，应实施的审计程序是指对该项风险点所采取的审计程序。审计风险点的审计目标具有强烈的针对性，通过确定合理有效的审计程序，采用常规程序和非常规程序替代程序和补充程序，发现和检查风险点。本项目的设置目的是为了审计人员具体操作。
第六项，是编制审计报告时的考虑。应该根据独立审计原则对审计报告以及对各类问题披露的规定和要求，依据重要程度，考虑报告类型以及在报告中的披露和如何披露。但需要注意的是：一是具体情况具体对待，用发展的、动态的、实事求是的态度去看待运用审计风险点，不可生搬硬套。二是不能以审计风险点的检查代替审计程序的全面实施，不可本末倒置，反生风险。三是要根据经济生活阶段性的变化，适时修改，健全已经建立的审计风险点，使建立审计风险点的模式具有生命力。
（二）完善政府审计领导体制。在中央和地方审计机关的关系上，改变双重领导体制，实行垂直领导。即各级政府审计机关由国家审计署统一领导，统一管理，在机构设置，人员配备，经费来源，干部任免等方面，一律按照下管一级的原则，实行垂直领导，避免地方政府的行政干预，避免经费上的财政牵制，各级审计机关可以以审计署的名义不受限制地对中央及上级审计机关管辖的单位进行审计，在当地审计部门力量比较薄弱的情况下，可以实行“上审下”，反之则实行“同级审”，以提高审计质量、效率和效果，避免审计风险。
（三）完善法规制度建设，适应经济发展速度。2000年1月28日和8月7日，中华人民共和国审计署以审计署第1、2号令，